Potresti provare in questo modo
al layer inferiore, che in alcuni punti è in condizioni confinate e in altri punti è in condizioni non confinate, puoi associare il Layer Type 
(Fully convertible)
Per fare questo puoi andare in
Model -> Modflow -> package option
e selezionare la scheda BCF-LPF
in corrispondenza del layer 1 (il più superficiale) puoi provare a inserire come layer type LAYCON il valore 1: unconfined (Layer 1) e in corrispondenza del layer 2, che rappresenta il tuo acquifero, il valore 3 – unconfined (T varies)
Come conducibilità idraulica al layer 1 prova a dare la conducibilità reale, che a quanto hai detto è molto inferiore a quella del layer 2.
Se il modello non converge puoi provare a selezionare tutto il layer 1 e a metterlo come NoFlow (in pratica crei un tappo impermeabile alla sommità del modello). In questo modo l’errore che commetti dovrebbe essere molto piccolo (visto la differenza di permeabilità fra i due layer non dovrebbero esserci significative differenze anche associando al primo layer una condizione noflow) e la convergenza dovrebbe essere un po’ più facilitata in quanto viene a mancare il forte contrasto di permeabilità.
Saluti!