Se nella tua area i pozzi di controllo mostrano un livello della falda superiore al livello di tamponamento del layer permeabile questo dovrebbe verificarsi anche nel tuo modello. Se setti il tuo layer come confined, e visto che il livello della falda è superiore al livello del tetto del layer mi sembra possa essere la condizione corretta, settando opportunamente le condizioni al contorno e le condizioni di stress puoi tranquillamente alzare a piacimento il livello dei carichi idraulici nel tuo layer permeabile. Quindi, se i tuoi pozzi di controllo mostrano un livello di falda molto al di sopra della quota di tetto del layer permeabile, occorrerà settare le condizioni al contorno del modello in modo che anche nel modello il carico idraulico sia di molto superiore al top del layer.
Se ho capito bene la domanda direi che questo dovrebbe essere il modo più lineare di procedere.
Saluti
Gabriele.
