Probabilmente la differenza fra la scelta che hai nel VisualModflow e quella proposta nel ModelMuse non dipende dall’interfaccia (cioè ModelMuse o VisualModflow) ma dipende dal tipo di flow package utilizzato nelle simulazioni.
Probabilmente nei tuoi modelli stai utilizzando il flow package di default che, da quanto descrivi, potrebbe essere il BCF. In ModelMuse il pacchetto settato di default, e usato negli esercizi del videocorso, è l’LPF.
Per cui, come prima cosa, prova a guardare quale flow package stai usando.
Se stai usando il BCF, allora non hai solamente due opzioni, come nell’LPF, ma 4, di cui una confined, una unconfined e due ti tipo misto (che probabilmente corrispondono al tuo caso confined/unconfined).
Una buona spiegazione su questo argomento la trovi nel manuale
Modflow 2005, The U.S. Geological Survey Modular Ground-Water Model – The Ground-Water Flow Process, dell’USGS scaricabile da qui.
In particolare la spiegazione la trovi al capitolo 5 “Internal Flow Packages”
